Игровой процесс Final Fantasy Tactics значительно отличается от того, что мы привыкли видеть в Final Fantasy. Вместо традиционного для игр серии боевого экрана, где персонажи игрока находятся по одну сторону, а враги по другую, столкновения происходят на трехмерных изометрических полях. Персонажи передвигаются по полю боя, поделенному на квадраты; дальность движения и действий персонажа определяется параметрами персонажа и его рабочим классом. Сражения пошаговые; персонаж может действовать, когда его время заряда (англ. Charge Time, CT) достигнет 100. Время заряда (далее просто CT) увеличивается с каждой CT-единицей (единица измерения времени в битвах) в количестве, равном параметру скорости персонажа. Когда CT достигает сотни (или значения большего), персонаж способен действовать. Во время сражения, каждый раз, когда персонаж успешно выполняет действие, он получает очки опыта (англ. Experience Points, EXP) и очки профессии (англ. Job Points, JP). Как и в других играх серии, в Final Fantasy Tactics встречаются случайные битвы - они начинаются на карте мира. Впрочем, в Final Fantasy Tactics случайные битвы происходят только в определенных локациях, обозначенных зелёным на карте мира. Пересечение такого места может привести к началу случайной битвы. Другим важным аспектом сражений являются магические атаки. Некоторые магические атаки наносят ущерб в зоне воздействия (атаки по площади), а многие из более сильных атак требуют нескольких ходов для выполнения. Очки жизни (англ. Hit Points, HP) вражеских единиц так же видны игроку (за исключением некоторых боссов), что позволяет игроку точно знать, сколько урона ему ещё нужно нанести данной единице. Передвижение по карте мира ограничено предопределенными путями, связующими города, сюжетные и небезопасные локации. Когда символ персонажа находится над городом, может быть открыто меню с несколькими опциями: «Таверна» (Tavern) — можно узнать свежие и не очень слухи, можно также записаться на побочные задания; «Магазин» (Outfitter) — для закупки и продажи припасов и обмундирования; «Гильдия бойцов» (Warriors' guild) — возможность вербовки новых персонажей, плюс возможность переименования имеющихся под вашим началом монстров. На более поздних стадиях игры (при изучении у персонажа класса "Вор" умения "Poach") в некоторых городах откроются «Меховые лавки», предоставляющие возможность выменять останки убитых монстров на предметы. Как и другие серии, Final Fantasy Tactics содержит классовую систему персонажей, которая позволяет игроку подгонять персонажей под различные роли. Игра всесторонне утилизирует большинство исходных классов персонажей, встречаемых в ранних играх серии Final Fantasy, включая призывателей (англ. Summoners), черных магов (англ. Black Mages), белых магов (англ. White Mages), монахов (англ. Monks), копейщиков (англ. Lancers) и воров (англ. Thieves). Новые рекруты начинают или оруженосцами (англ. Squires), или химиками (англ. Chemists) - это базовые классы для воинских профессий и профессий, связанных с магией. Игра включает 20 профессий, доступных нормальным персонажам.

В битвах очки профессии (далее просто JP) являются наградой за каждое успешное действие. JP необходимы для изучения новых способностей в рамках каждого рабочего класса. Накопление достаточного количества JP выливается в повышение уровня профессии; новые профессии открываются по достижению определенного уровня в определенном рабочем классе (например, чтобы стать белым магом или чёрным магом, персонаж должен сначала достигнуть 2-го уровня профессии в классе химик), что также позволяет персонажу получать больше JP в данном классе во время сражений. Когда все способности в рамках рабочего класса будут выучены — класс «познан» (англ. «Mastered»). У каждого персонажа имеются пять слотов способностей. Первые два предназначены для профессий и они будут доступны на поле боя. В первом слоте - профессия, которая используется персонажем в данный момент (например, у чёрного мага это "Black magics" - чёрная магия). Профессию во втором слоте, в отличие от первой, можно менять произвольно в не зависимости от того, кем является ваш персонаж (единственное условие - профессия должна быть доступной). Например, тот же чёрный маг может владеть в бою и магией времени (Time magics). Третий, четвёртый и пятый слоты предназначены для способностей, улучшающих вашего персонажа - "способностей реакции" (Reaction abilities), "способностей поддержки" (Support abilities) и "способностей движения" (Movement abilities). "Способности реакции" применяются автоматически в ответ на какое-либо действие (например, атаку противника). Одна из таких способностей - умение "Counter tackle" (контратака). К "способностям поддержки" относятся умения, улучшающие какую-либо сторону персонажа (так, способность "Safeguard" защищает экипировку от поломки и кражи). "Способности движения" применяются при передвижении персонажа или просто его облегчают. К таким способностям относятся умения "Jump+1" (увеличение высоты прыжка) и "Lifefont" (регенерация HP при движении).