В мире симбиоза изощренных технологий и могущественной магии злая колдунья разлагает мощнейшие военные силы через манипуляции людьми и обман, порабощая человечество.

Чтобы противостоять силам зла, создаются "Сады" (Gardens), военные академии, обучающие элитных бойцов. Выпускники академий, именуемые SeeD (Семя), служат человечеству, защищая его от колдуньи. Единственная цель этих академий — победить волшебницу и сохранить человечество, невзирая на цену, которую придётся заплатить.

Маленькая неопытная группа выпускников Balamb Garden обнаруживают себя втянутыми в нечто большее, чем простой военный конфликт. Скволл, вместе с группой друзей, должен отбросить свои страхи и стать лидером команды, решающей судьбу мира. По ходу игры ему предстоит не только узнать истинную цель волшебницы и остановить её, но и измениться внутренне, пройдя путь от замкнутости и отчужденности к вере в друзей и обретению любви Риноа.