Главным героем игры является Тидус — молодой спортсмен, живущий в городе Занарканде и капитан занаркандской блицбольной команды (блицбол — командная игра в мяч, популярная в его мире). В самом начале игры, во время блицбольного матча, на его родной город нападает Син, и Тидус, вместе со своим наставником, Ауроном, перемещается во времени и в пространстве. В полном одиночестве он попадает в руины древнего храма, где его находят люди из племени Аль-бед, прибывшие туда в поиске древней техники. Одна из Аль-бедов, Рикку, рассказывает Тидусу о том, что Занарканд был уничтожен тысячу лет назад и обещает помочь ему разобраться в произошедшем и найти своих знакомых, но вскоре на корабль аль-бедов нападает Син и Тидуса выбрасывает за борт. Течением его приносит к берегу острова Бесайд, где он встречает Вакку, капитана блицбольной команды, которому он, во избежание лишних вопросов, сообщает, что потерял память из-за ядовитых испарений Сина. Впечатленный спортивными способностями Тидуса, Вакка просит его присоединиться к команде и помочь ему выиграть турнир, ежегодно проходящий в городе Луке. В Бесайде Тидус знакомится с Юной, молодой призывательницей. Её отец, Браска, был призывателем, победившим Сина за десять лет до начала основных событий игры. Его телохранителями были Аурон и Джект, отец Тидуса, в Занарканде считавшийся пропавшим без вести. Юна, желая повторить подвиг отца, отправляется в паломничество вместе со своими Хранителями — Ваккой, Лулу и Кимари. Тидус присоединяется к ним, так как во время своего путешествия Юна намеревается посетить Луку, где должен проходить ежегодный турнир, и где Вакка планирует сыграть в блицбол в последний раз и после этого полностью отдать себя работе Хранителя. Позже, уже в Луке, к компании присоединяется Аурон, предлагающий Юне свои услуги в качестве Хранителя; он же велит Тидусу окончательно присоединиться к команде. Спустя ещё некоторое время к ним присоединяется Рикку, которая приходится Юне двоюродной сестрой и питает надежду отговорить кузину от самопожертвования.

Также герои знакомятся с Сеймуром, одним из верховных священников Евона. Изначально Сеймур ведёт себя дружелюбно по отношению к ним и даже предлагает Юне выйти за него замуж, но вскоре в руки Юны попадает видеосфера, записанная отцом Сеймура, Джискалом, незадолго до его гибели от рук сына. В записи Джискал сообщает о том, что сердце его сына поглотила тьма, и команда решает бороться с Сеймуром. Им удаётся его убить, но Сеймур остаётся неотправленным и не покидает мир живых. Дальнейшее путешествие продолжается при постоянном преследовании Сеймура и храма Евона.

Во время путешествия Тидус влюбляется в Юну, но, к своему ужасу, узнает, что ей суждено погибнуть в финальной битве с Сином. Сама Юна, не страшась своей судьбы, с готовностью идёт на битву, желая принести своему народу новый Покой (Calm) — период, когда Спира освобождается от гнета чудовища. Помимо всего прочего, Аурон открывает Тидусу, что его отец, Джект, жив, но при этом он более не является человеком, против своей воли перевоплотившись в Сина, став его основой и источником энергии. Тидус решает освободить своего отца и, кроме того, найти путь к уничтожению Сина, не жертвуя при этом жизнью Юны. Позже Тидус узнает, что на самом деле и он, и Джект — воплощенные в реальность сны Призраков веры, по сути своей подобные аэонам. Их город был создан после того, как настоящий Занарканд был уничтожен во время войны. Правитель Занарканда, могущественный призыватель Ю Евон, велел выжившим горожанам стать Призраками веры и воссоздать Занарканд таким, каким он сохранился в их воспоминаниях. Кроме того, Ю Евон создал Сина, мощнейшего аэона. Он начал использовать монстра как непробиваемую броню и с его помощью отомстил погубившей его родной город державе, разгромив все технически развитые города. Со временем Ю Евон потерял человеческий облик и оставил в своей жизни единственную цель — постоянно призывать. Тидус существует только до тех пор, пока Призраки веры не освободятся от своего сна, после чего ему предстоит исчезнуть.

Когда Юна со своими Хранителями наконец приходит в Занарканд, она встречает там Леди Юналеску — дочь Ю Евона и первую призывательницу в истории Спиры. Леди Юналеска, с целью прославить себя и отца и с целью сохранить в секрете истинную суть Сина, создала традицию паломничества и финального призыва; она же была основательницей Храма Евона. Она рассказывает Юне, что Финальный призыв никогда не избавит Спиру от Сина; что душа, использованная для создания Финального Аэона, после используется для рождения нового Сина (именно так Джект, отдав свою душу на создание Финального Аэона для Браски, превратился во враждебную Спире силу). Кроме того, выясняется, что десять лет назад Юналеска убила Аурона (впоследствии пожелавшего остаться неотправленным), который, ослепленный горем от гибели своих друзей, попытался её атаковать. Юна, поняв всю бессмысленность своего путешествия, отказывается от Финального Призыва. Уничтожив Юналеску, команда решает найти другой способ победы над Сином. Герои решают атаковать Сина с альбедского корабля и проникнуть внутрь монстра. Внутри Сина команда побеждает Сеймура (который, страстно желая стать новым Сином, оказывается втянутым внутрь существа), Джекта, неспособного управлять своими действиями, и, наконец ,самого Ю Евона, таким образом пресекая возможность создания нового Сина. Аурон, исчерпав смысл своего существования, отправляется в Обитель Духов. Призраки веры освобождаются от своих вынужденных снов, и вместе с их неволей исчезает всё, что было создано их фантазией — аэоны, вымышленный Занарканд, и, наконец, сам Тидус. Юна произносит речь перед жителями Спиры, в которой она предлагает им восстановить разрушенный Сином мир.