История Final Fantasy IX начинается с того, что Зидан вместе с «театральной труппой» Танталус похищает принцессу Гарнет на праздновании её шестнадцатилетия. В ходе похищения выясняется, что принцесса сама собиралась сбежать из дома и отправиться в Линдблюм к регенту Сиду. Но театральный воздушный корабль, Прима Виста, повреждённый во время побега из Александрии, падает и разбивается в зловещем лесу. После чего Зидан на время покидает свою банду и вместе с Гарнет отправляется в Линдблюм, сопровождаемый также Виви и Штайнером, которые находились рядом с самого начала похищения. В ходе путешествия принцесса Гарнет берёт себе кличку «Даггер» (кинжал) и пытается слиться с простым народом. Партия попадает на фабрику по производству чёрных магов, которые производятся для нужд армии Александрии. Королева отправляет троих самых сильных чёрных магов для того, чтобы те вернули Гарнет, но безуспешно. В Линдблюме Зидан встречает старую подругу Фрею и участвует в ежегодном чемпионате по охоте на монстров. Регент Сид, по ревности превращённый своей женой в оглопа, принимает партию. Выясняется, что это именно он нанял бандитов Танталуса для похищения, так как был взволнован возрастающей агрессией королевы Браны. Неожиданно герои узнают, что Бирмеция (соседнее королевство) была атакована александрийской армией. Даггер и Штайнер отправляются в Александрию для того, чтобы отговорить королеву вести войну. А Зидан, Виви и Фрея берут курс на Бирмецию. Здесь они встречают королеву Брану, Беатрис и помогающую александрийцам в войне странную личность — Куджу.
Даггер и Штайнер благополучно добираются до Александрии, но королева Брана отказывается от прекращения военных действий, она извлекает из тела принцессы эйдолонов и атакует с их помощью королевство Клейра. Зидан, Фрея и Виви после посещения Клейры отправляются в Александрию и спасают Даггер, и вместе с ней отступают в подвергшийся нападению Линдблюм. Регент Сид рассказывает героям, что за всеми злодеяниями Браны стоит поставщик оружия, тот самый человек по имени Куджа. Партия по подземному туннелю отправляется на Внешний континент, где предположительно находится штаб-квартира злодея. По пути к группе присоединяется новый персонаж — Квина. Дорога сводит героев с шестилетней девочкой Эйко, которая живёт одна в деревне-руинах Мадайн Сари и является последней выжившей представительнецей своей расы. Партия проникает в Дерево Иифы и уничтожает источник распространения злого тумана. Также выясняется, что туман использовался Куджей для сотворения армии чёрных магов. По возвращении в Мадайн Сари происходит стычка с наёмным убицей Амарантом, которого наняла Брана для захвата Даггер, он вскоре тоже присоединяется к партии по своим личным причинам. Даггер постепенно начинает понимать, что она тоже относится к расе вызывателей, и родом она тоже из Мадайн Сари. Вблизи Дерева Иифы королева Брана разворачивает свой флот против Куджи и атакует его мощнейшим эйдолоном Багамутом. Но Куджа с помощью огромного воздушного корабля берёт власть над Багамутом, убивает Брану и уничтожает её флот.
Партия возвращается в Александрию, и Гарнет становится королевой. Спустя некоторое время Куджа атакует Александрию с помощью Багамута, Эйко и Гарнет для защиты города вызывают легендарного эйдолона Александра. Куджа пытается взять контроль и над Александром, но ему мешает загадочный старик по имени Гарланд, который уничтожает эйдолона и бо́льшую часть поселения. Кудже нужны сильные эйдолоны для победы над Гарландом, и он концентрирует своё внимание на Эйко. Герои отправляются в пустынное убежище Куджи, но тот их обманывает и вместе с девочкой сбегает. Во время извлечения эйдолонов карманный мугл Эйко Мог впадает в транс и превращается в свою реальную форму — эйдолона Мадин, прерывая таким образом процесс. Злодей при этом покидает место действия и отправляется продолжать противостояние с Гарландом. Партия спасает Эйко и находит Хильду, которая превращает Сида обратно в человека — теперь он может закончить строительство летающего корабля, работающего без действия тумана. С благословления Хильды партия преследует Куджу в Терре, загадочном параллельном мире, проникновение в который стало возможным благодаря открытию межпространственного портала. В терранском городе Бран Бал выясняется, что Гарланд был создан терранцами для соединения двух миров Терры и Геи, так как первый находился на грани полного вымирания. Гарланд создал геномов, которые в определённое время должны были стать носителями душ терранцев. И существование дерева Иифы, и феномен Тумана, и уничтожение эйдолонов — всё это было подчинено одной цели, даже действия Зидана и Куджы были предрешены заранее. Куджа, тем не менее, собирает необходимое количество душ и впадает в транс. Обретя силу, он лишает Гарланда жизни, но тот перед смертью успевает рассказать об ограниченности жизни Куджы и о том, что в будущем Зидан должен был перенять его функции на себя. В ярости злодей уничтожает Терру, герои же тем временем спасают геномов и возвращаются в Гею.
По возвращении выясняется, что туман теперь окутывает весь мир. Объединившись с силами Бирмеции, Линдблюма и Александрии, герои отправляются в Дерево Иифы, откуда телепортируются в мир сновидений под названием Мемория. Дух Гарланда проводит партию к Кудже, который после поражения разрушает кристалл жизни и активирует Некрона — абсолютное зло, стремящееся уничтожить всё живое. Победа над Некроном приводит к разрушению Мемории и Дерева Иифы, Куджа использует остатки своих сил, чтобы спасти героев, Зидан бросается ему на помощь и погибает вместе с ним.
Спустя некоторое время Александрия отстраивается, и труппа Танталус выступает перед королевой Гарнет. Во время представления один из актёров снимает свою мантию и оказывается Зиданом. В финальном ролике демонстрируется встреча Зидана и Гарнет. В других сценах показывают выживших клонов Виви; Штайнер и Биатрис возвращаются к старой работе стражниками; Эйко удочеряется регентом Сидом и Хильдой; Фрея воссоединяется со своей давней любовью — Сером Фрэтли; а Квина обосновывается на кухне замка Александрии.
